Berawal dari sebuah rumah sakit yang berdiri atas prakarsa kelompok sosial orang-orang Belanda pada tahun 1931, dimana pada tahun 1938 pengelolaannya dilakukan oleh NERKAI (Nederlansch Rode Kruis Afdeling Van Indonesie), dan diantara tahun 1942-1945 dikuasai oleh Penguasa Jepang. Setelah Jepang kalah perang dan meninggalkan Indonesia, pengelolaan rumah sakit kembali dilakukan oleh NERKAI.
Barulah pada tahun 1948, dihibahkan pengelolaannya kepada Pengurus Palang Merah Indonesia Cabang Bogor dan diberi nama Rumah Sakit Kedung Halang yang dipimpin oleh Dokter Respondek, hingga tahun 1951 diserahkan kepada Markas Besar Palang Merah Indonesia dan ditunjuk sebagai rumah sakit umum serta berganti  nama menjadi Rumah Sakit Umum Palang Merah Indonesia (RS PMI) Bogor.

Untuk pengelolaannya, tahun 1964 dibentuk suatu Yayasan Rumah Sakit Umum PMI Bogor yang diketuai oleh Ibu Hartini Soekarno dan berinduk pada markas Besar Palang Merah Indonesia kemudian di tahun 1965 RS PMI Bogor bekerjasama dengan RS Cipto Mangunkusumo dengan cara memperbantukan tenga medis dan paramedis RSCM di RSU PMI Bogor

Tahun 1966 Yayasan Rumah Sakit PMI Bogor dibubarkan dengan sebelumnya telah merestorasi bangunan RSU PMI Bogor. Baru pada tahun 1970 RSU PMI Bogor mendapatkan status Rumah Sakit tipe C menurut standar hasil Workshop Hospital. Sejak saat itu RSU PMI Bogor lebih berkiprah seperti pada tahun 1972, Poliklinik Kebidanan ditunjuk sebagai Poliklinik Keluarga Berencana Wilayah Bogor dan sebagai bentuk kepedulian dalam pelayanan pada masyarakat, tahun 1980 RS PMI Bogor bekerjasama dengan BPDPK (Sekarang PT ASKES Indonesia).

Prestasi yang telah diraih diantaranya  

1. Dibidang pendidikan, RS PMI Bogor ditunjuk sebagai Rumah Sakit Pendidikan bagi mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas Tarumanegara (Untar) pada tahun 1988
2. Meraih Juara I (satu) sebagai Rumah Sakit Swasta Tipe C tingkat propinsi Jawa Barat Tahun 1988.
3. Di tahun 1989, RS PMI Bogor ditunjuk sebagai pengelola Bank Darah dan Sekretariat Bank Mata.
4. Tahun 1991, dinyatakan sebagai RS Swasta Tipe B
5. Juara III (tiga) lomba penampilan RS swasta tipe B tingkat Propinsi jawa Barat.
6. Tahun 1992 Rumah Sakit PMI Bogor sudah memliki ijin tetap penyelenggaraan rumah sakit (SIUP)
7. Pada bulan oktober 1999 RS PMI Bogor berhasil meraih juara II lomba penampilan kerja RS Swasta tingkat propinsi jawa barat
8. Untuk wadah memajukan kesejahteraan karyawan pada tahun 1990 didirikan koperasi karyawan Mitra Melati dan tahun 1991 didirikan Yayasan Dana Pensiun Palang Merah Indonesia.  

Pada tanggal 14 September 1994 dilakukan pemugaran RS PMI Bogor dengan ditandai acara peletakan batu pertama oleh Ibu Tien Soeharto. Dalam rangka meningkatkan pelayanan pada masyarakat, tanggal 15 maret 1999 telah dibuka ruangan perawatan paviliun melati lantai III, Instalasi bedah sentral dilantai aII serta pusat diagnostik di lantai I gedung paviliun melati. Penambahan ruang perawatan kelas I & II mawar digedung sayap kanan depan menghadap Kebun Raya Bogor pada tanggal 1 Juni 1999, Paviliun Anggrek kelas I & II di gedung eks kamar bedah pada tahun 2000.

Untuk meluaskan pelayanan di semua segmen masyarakat dan menunjang sistem subsidi silang, RS PMI Bogor memiliki tenaga medis dokter spesialis yang lengkap dan berpengalaman yang ditunjang dengan peralatan diagnostik yang modern dan lengkap Dilakukan renovasi gedung unit gawat darurat (Emergency) dibulan Agustus 2002 dan ttanggal 14 Juli 2002 dimulai renovasi eks ruang perawatan paviliun Mawar menjadi POLIKLINIK EKSEKUTIF yang beroperasi pada bulan januari 2003 serta pemindahan ruang perawatan paviliun melati( VIP) ke lantai IV dan Paviliun Mawar ke lantai III Gedung Melati.